这个熊廷弼更进一步，加兵部尚书衔，太子少保，还明令的命令原本一样大的辽东巡抚听命于他，这让袁应泰十分郁闷，还被迫从广宁移柱这个辽阳。
这辽东经略是大于辽东巡抚，但前者是武职，后者是文职，大明是文贵武贱，上一任经略杨镐都不敢指使辽东巡抚，大家最多两头大，现在好了，皇帝亲自下令，他必须听命于辽东经略使，什么操作空间和运作的空间也没有了。
熊廷弼道：“米柱千户是杨镐一案的负责人，也是天子钦命的钦差大臣，叫一声大人有何不可？”
作为楚党一员，他进入辽东官场极早，万历三十六年，熊廷弼受命巡按辽东。熊廷弼到了辽东后，雷厉风行地做了几件事情。广宁巡抚赵楫和总兵官李成梁抛弃宽甸一带新辟的八百里疆域，将那里的六万登记在册的民户迁徙到内地。不久，论功行赏，给事中宋一韩对此事提出诘难。
作御史巡按的熊廷弼复查核实，结果查到了赵、李两人放弃广阔疆域、驱赶百姓迁徙的详细情况，于是熊廷弼向朝廷揭发了两人的罪状，并波及自己的前任、巡按大臣何尔健、康丕杨对赵、李两位同党的偏袒庇护。然而这一奏疏后来竟然没有了下文。
熊廷弼在辽东干了几年，转学政，因为督学时曾杖死生员而遭到弹劾，离职回乡。
万历四十七年，辽东经略杨镐在萨尔浒大败之后，神宗皇帝与大臣们商议后，认为熊廷弼熟悉边防事务，于是起复他为大理寺丞兼河南道御史，并命前去宣抚、慰劳辽东军民，不久又提升为兵部右侍郎兼右佥都御史，替代杨镐为辽东经略。
熊廷弼是不负众望，很快的稳定了即将崩溃的辽东的局面，将战线稳定在沈阳、辽阳一线。
只是他的战略过去保守，他的战略是集兵十八万，分布叆阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江诸要口，首尾相应，小警自为堵御，大敌互为应援。更挑精悍者为游徼，乘间掠零骑，扰耕牧，更番迭出，使敌疲于奔命，然后相机进剿。
说白了是守点不守线，联点以成线，避免以建奴野战，先在守城之中给予敌人大量杀伤之后，才相机反攻。
但这大明的党争延续到了地方，作为楚党的他，不可避免的卷入党争，被对手攻击坐拥十八万大军，却畏敌如虎，龟缩不出。
这攻击得最厉害的，当是袁应泰，他主张使用十八万大军，乘建奴主力围攻叶赫部之时，反攻抚顺。
熊廷弼苦笑不语，这十八万大军都是招集的溃兵逃民组成，不修兵具，朽戟钝戈，援急不足为用，金鼓几于绝响，偶令之截杀，股栗腕战，面孔殊无生色，许多士兵不能开弓，或开弓而不及十步，根本是一群乌合之众，除了各大主将身边的几百家丁，尚可一战，其它的，只是临时武装起来的农民。
而建奴则有步骑十万，全是久经训练，能征善战的精锐，在这种情况，居然是放弃守城之利，主动找对方野战，这是找死。
但朝中诸公，皆是鼠目寸光又好大喜功的人，他们在地图上一看，明军有十八万，而建奴不足十万，就命令他反攻，限时夺回失地，在被他拒绝之后，被冠以畏敌如虎之号。
内阁一致同意换将，连他的靠山刘一燝都表示，意见己成，事不可为，让他做好交接准备。
熊廷弼哀叹，大好局面，就被这些人头猪脑的破坏，他连夜大醉，哀叹：“食肉者鄙！食肉者鄙！”
谁知在四大阁臣上书皇帝时，被新登基的康熙天子朱由校训斥否决，以兵未精，器未利为由否决反攻，还认可了他的战略，并为他加兵部尚书、太子少保衔，并命令这刺头熊廷弼听命于他。
当时熊廷弼闻信，激动得向西下跪而拜：“皇上英明呀！臣肝脑涂地，万死不辞。”
康熙天子朱由校对他支
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